1750년대,예수회소속의가브리엘신부는과라니족원주민들을복음화하겠다는사명을품고파라과이의깊은밀림속으로들어간다.그곳에서선교활동을펼치던중,과거의죄를참회하며속죄의길을갈구하던전직노예사냥꾼로드리고멘도사가회심하여예수회수사로합류한다.원주민들이점차가톨릭신앙을받아들이고평화로운공동체를이뤄갈무렵,마드리드협약이체결되면서이지역이스페인영토에서포르투갈영토로편입되는위기를맞이한다.원주민을존엄한인간이아닌노예노동의수단으로여겼던포르투갈정부는이들을생포해팔아넘기려는야욕을드러낸다.결국가브리엘신부와멘도자수사는교황청특사의철수명령마저거부한채,목숨을걸고과라니족원주민들과그들의소중한공동체를지키기위한마지막선택을내린다.